El 24 de noviembre de 1939, mediante Ley fundacional publicada en el Boletín Oficial del Estado (28 de noviembre de 1939), se crea el Consejo Superior de Investigaciones Científicas asumiendo las competencias y locales de la Junta para Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas (JAE).
En 1942 se produjo la primera modificación en la Ley fundacional, que estableció el sistema de colaboración con las universidades y permitió la creación de institutos mixtos con estas. En 1945 se aprobó la creación de las primeras plazas de personal propio de investigación y de apoyo.
Durante los años 60 y 70 el CSIC continuó extendiéndose por toda la geografía española con la creación de centros e institutos de investigación y abrió la primera sede fuera de nuestras fronteras, la Delegación del CSIC en Roma.
A finales de 1977, recuperado ya el sistema democrático en España, se publica un nuevo reglamento que supone una ruptura con la etapa anterior y se convierte en el texto sobre el que se han articulado todas las reglamentaciones posteriores.
El 11 de enero de 1907 se decretó la creación de la Junta para Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas (JAE) por Amalio Gimeno, ministro de Instrucción Pública y Bellas Artes.
Con la nueva institución, heredera de los principios de la Institución Libre de Enseñanza, se pretendía terminar con el aislamiento español y enlazar con la ciencia y la cultura europeas, además de preparar al personal encargado de llevar a cabo las reformas necesarias en las esferas de la ciencia, la cultura y la educación. De este modo, el esfuerzo por reformar, por regenerar el país, pasaba a ser una empresa nacional, independiente de los vaivenes políticos, en la que se implicaba a intelectuales de diferentes ideologías.
El programa científico y cultural desarrollado por la Junta para la Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas no solo representó el proyecto más innovador para España desde 1907 a 1939, con la creación de laboratorios, centros de investigación, dotación de becas para estudiar en el extranjero, etc., sino que puso en contacto a los principales pensadores y científicos de España con los de otros países y continentes, posibilitando una nueva forma de acercamiento de los pueblos a través de la cultura y de la ciencia.
Presidida desde sus inicios por Santiago Ramón y Cajal, con la colaboración de José Castillejo en la Secretaría, la JAE desarrolló diferentes objetivos, entre ellos: el servicio de ampliación de estudios dentro y fuera de España, las delegaciones en congresos científicos, el servicio de información extranjera y las relaciones internacionales en materia de enseñanza, el fomento de los trabajos de investigación científica y la protección de las instituciones educativas en la enseñanza secundaria y superior.
Para llevar a cabo estos objetivos la JAE puso en marcha una activa política de pensiones, esenciales para el desarrollo cultural y científico de España, de la que se beneficiaron numerosos estudiantes, profesores e investigadores, que fueron becados para trabajar en España, en Europa y en América. Desde el principio la JAE desarrolló una política activa auspiciando la creación de diferentes centros de investigación, así como de laboratorios en distintas partes de España: el Centro de Estudios Históricos de Madrid (1910), dirigido por Ramón Menéndez Pidal, la Residencia de Estudiantes, el Instituto Nacional de Ciencias Físico-Naturales (1910), presidido por Cajal con la asistencia de Blas Cabrera, que agrupó a instituciones ya existentes como el Museo Nacional de Ciencias Naturales, el Museo Antropológico, el Jardín Botánico o la Estación Biológica de Santander, contando con diferentes comisiones y laboratorios como el de Investigaciones Biológicas, el de Investigaciones Físicas, la Estación Alpina de Biología del Guadarrama, la Misión Biológica de Galicia, la Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas, el Seminario Matemático y los Laboratorios de Química, Fisiología, Bacteriología, etc. de la Residencia.
Médicos, biólogos, químicos, historiadores, filólogos, etc., hombres y mujeres de ciencias y letras se formaron en las instituciones creadas por la JAE, siendo los encargados de poner en marcha el programa renovador de la ciencia y la cultura españolas. Santiago Ramón y Cajal, Ignacio Bolívar, José Castillejo, Luis Simarro, Juan Negrín, Pío del Río-Hortega, Antonio de Zulueta, Severo Ochoa, Julio Rey Pastor, Francisco Durán i Reinals, Blas Cabrera, Leonardo Torres Quevedo, José Casares Gil, José Fernández-Nonídez, Cruz Gallastegui, Federico de Onís, Ramón Menéndez Pidal, María de Maeztu, Tomás Navarro Tomás, Américo Castro, Antonio García Solalinde, Samuel Gili Gaya, Rafael Altamira... son algunos de los que formaron parte de esta empresa.
En plena Guerra Civil española, el 19 de mayo de 1938, el gobierno franquista decretó el cese de las actividades de la JAE, pero la Junta mantuvo una delegación en Valencia, apoyada por el gobierno legítimo de la República, que posteriormente se trasladó a Barcelona. En octubre de ese mismo año Tomás Navarro Tomás nombró subdelegado de la JAE en Madrid a Luis Calandre, director del Hospital de Carabineros instalado en la Residencia de Estudiantes, con objeto de mantener sus actividades e inventariar los laboratorios, uno de los cuales –el de Anatomía Microscópica– había estado bajo su dirección. El final de la contienda condenó a Luis Calandre al exilio interior, siendo sometido a dos procesos que le llevaron a prisión.
A lo largo de la guerra muchos de los científicos de la JAE se vieron obligados a abandonar el país. Un grupo de ellos, ligados estrechamente a la Casa de España en México, fue el encargado de fundar la revista “Ciencia”, revista hispano-americana de ciencias puras y aplicadas, que reunió al exilio científico español. El 1 de marzo de 1940 aparecía el primer número de esta revista bajo la dirección de Ignacio Bolívar Urrutia y con tres redactores principales, Cándido Bolívar Pieltain, Isaac Costero y Francisco Giral.
En 1939 el nuevo régimen franquista creaba con los laboratorios, locales y centros de la JAE el Consejo Superior de Investigaciones Científicas, bajo la presidencia del ministro de Educación José Ibáñez Martín, quien contó con la estrecha colaboración de José María Albareda, nombrado secretario general del CSIC. La ley de 24 de noviembre de 1939 por la que se creaba el CSIC dejaba establecido que "Todos los Centros dependientes de la disuelta Junta para Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas, de la Fundación de Investigaciones Científicas y Ensayos de Reformas y los creados por el Instituto de España, pasarán a depender del Consejo Superior de Investigaciones Científicas."
Cien años de la creación de los primeros centros de la JAE
A principios de 1938 la Junta Técnica de Estado, creada para dirigir la administración durante los primeros momentos de la guerra civil, dio paso a un gobierno que afrontó la tarea de crear un nuevo estado. La principal articulación en el campo de la investigación está contenida en el decreto de 19 de mayo de 1938 ("Decreto confiriendo al Instituto de España la misión de orientar y dirigir la alta cultura y la investigación superior en España").
En dicho texto, que ensalzaba la figura de Marcelino Menéndez Pelayo, se trataba de articular "la cultura y la ciencia española de acuerdo con las aspiraciones del Maestro". Lógicamente se planteaba un discurso ideológico basado en la necesidad de robustecer la conciencia nacional y de eliminar "la funesta esclavitud de camarillas y partidos".
Se anunciaban medidas encaminadas a devolver a la Universidad los medios y competencias en materia investigadora, que junto a la formación profesional constituían la misión de la Universidad. Las normas deberían ser completadas por nuevas disposiciones destinadas a desarrollar los principios anunciados en dicho decreto.
En él se anunciaba la supresión de la Junta para Ampliación de Estudios, y se transfería la mayor parte de sus competencias al Instituto de España, y se retrasaba la decisión sobre las competencias e instituciones que iban ser entregadas a las universidades y las destinadas a ser suprimidas.
En honor a la figura de Menéndez Pelayo se disponía la creación de diversos institutos de investigación de contenido histórico-literario:
- Centro de Estudios Históricos
- Centro de Filología Románica
- Centro de Filología Semítica y Estudios Arábigos, una de cuyas sedes se establecerá en Granada
- Centro de Arqueología e Historia Americana, con residencia en Sevilla
- Comisión para la Historia de la Ciencia Española
- Comisión para formar una Biblioteca de Autores Españoles y Seminario de Filología Clásica
Se señalaba que en breve se crearían también "instituciones concernientes al estudio de las ciencias de la naturaleza y matemáticas".
Nada más finalizar el conflicto se publicaba un nuevo decreto (26.04.1939) que ponía en pie centros de "carácter científico, filosófico y aún técnico", que se colocaban bajo una especie de patronato laico con el nombre de Santiago Ramón y Cajal.
Los centros creados eran los siguientes:
- Centro de Estudios Filosóficos y Matemáticos
- Seminario "Juan Luis Vives" para Estudios Pedagógicos
- Seminario "Huarte de San Juan" de Psicología Aplicada
- Centro de Exploraciones y Estudios Geográficos "Juan Sebastián Elcano", con sede en San Sebastián
- Centro de Estudios Biológicos y Naturales, con un laboratorio "Ramón y Cajal" de Biología, y un laboratorio de Química y Biología
- Una Sociedad y Museo de Ciencias Naturales, con la ordenación de los jardines Zoológicos y Botánicos, la Sociedad de Cartografía Geológica de España, y museos especiales de Mineralogía, Petrografía y Cristalografía aplicadas, estaciones oceanográficas y de estudios biológicos-pecuarios
- Un Centro de Altos Estudios de Física, Química y Mecánica
- Un servicio para la realización de la "Enciclopedia hispánica"
Unos meses más tarde se redefine el proyecto mediante la creación del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (Ley de 24/11/1939). A la nueva institución se le transfieren los locales y competencias de la JAE, de la Fundación de Investigaciones Científicas y Ensayos de Reformas, los que habían sido creados unos meses antes por el Instituto de España y todos aquellos que perteneciendo al Ministerio de Educación Nacional no estaban vinculados a la Universidad.
En la exposición de motivos se señalaba “la voluntad de renovar su gloriosa tradición científica” asentándola sobre la “restauración de la clásica y cristiana unidad de las ciencias destruida en el siglo XVIII”. Dichos principios, que inspiraron el nuevo régimen político implantado en España, entroncaban con los pensadores de la ideología contrarrevolucionaria europea de finales del siglo XVIII, periodo con el que se pretendía enlazar.
Se hacía una valoración negativa del periodo inmediatamente anterior (“pobreza y paralización”), planteando como alternativa una recuperación de las energías espirituales de la hispanidad a fin de crear una cultura universal. La idea de anatemizar la JAE y de crear una institución bajo principios ideológicos opuestos está presente en todos los textos legales y en los escritos de sus principales directivos de los momentos iniciales.
Estos condicionamientos ideológicos lastraron la actividad científica durante un importante periodo, sobre todo en las especialidades más sensibles a estos planteamientos. Pero esta limitación fue general en el país y no se limitaba exclusivamente al CSIC, que sobresalió de forma notable por encima del resto de instituciones que tenían actividad en el campo investigador, incluida la Universidad. En colaboración con las Reales Academias y los profesores universitarios que habían superado la depuración, incluso algunos que habían colaborado anteriormente con la JAE, se puso en marcha la nueva institución.
Inicialmente se le asignó una función “coordinadora y estimulante”, señalando que no debía “mediatizar los centros e instituciones que con vida propia se desarrollan”.