- Áreas de investigación
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- Biología y Biomedicina
- Grupo
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- Proteómica, Genómica y Metabolómica
- Proteómica, Genómica y Metabolómica
- Subgroup
-
- Genómica
- Proteómica
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
| Support unit | Support unit Information | Selected service | Other services |
|---|---|---|---|
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CBM - Madrid |
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IPBLN - Armilla |
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Servicio de Certificaciones y Análisis del Instituto Botánico de Barcelona (certibb) IBB - Barcelona |
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Servicio Científico-Técnico de Genotipado IPE - Zaragoza |
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LABORATORIO DE TECNOLOGÍAS ÓMICAS Y BIOINFORMATICA CI2A - Alcalá de Henares |
Service general data
- Support unit: GENÓMICA
- Institute: CENTRO DE BIOLOGIA MOLECULAR SEVERO OCHOA
- Locality: Madrid (Madrid)
- Service's web: http://www.cbm.uam.es/genomica
El Servicio de Genómica y Secuenciación Masiva del CBMSO es responsable de la implementación y desarrollo de tecnologías de biología molecular y genómica. La filosofía del servicio radica fundamentalmente en adaptarse lo más posible a las necesidades del usuario. Por ello, el modelo de funcionamiento es muy abierto y se basa en dos aspectos principales: la atención individualizada (tanto en diseño como realización y análisis de experimentos) y la posibilidad de uso autónomo (mediante reserva electrónica) de la mayoría de los equipos adscritos al servicio. Esto permite al usuario decidir su nivel de implicación en cada proyecto según sus necesidades y circunstancias.
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
Benefit description
Library preparation for next generation sequencing. Library preparation from single cell experiments.| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| Librerias 3'mRNA | 94.10 € | 103.06 € | |
| Single Cell Chip 10X | 570.58 € | 624.92 € | |
| Single Cell Combinatorial bacording procesado de muestras | 1256.53 € | 1376.20 € | |
| Recuento de células en contador automático | 9.83 € | 10.76 € | |
| Single cell Raphsody "Whole genome transriptome" | 2703.50 € | 2960.97 € | |
| Single cell Rhapsody prueba carga cartucho | 408.73 € | 447.65 € | |
| SIngle cell Rhapsody carga de cartucho | 1458.60 € | 1597.51 € | |
| Single cell Rhapsody generación librería a partir de "beads" | 389.70 € | 426.81 € | |
| Single cell 10X GEM-X 3´ gene expresion | 2963.53 € | 3245.77 € | |
| Single cell 10X FLEX gene expresion | 1326.76 € | 1453.12 € | |
| Single cell 10X GEM-X 3´ gene expression OCM | 914.04 € | 1001.10 € | |
| Procesado de muestras | 44.22 € | 48.43 € | |
| Single cell 10X generación de librería | 217.22 € | 237.91 € |
Service general data
- Support unit: UNIDAD DE GENÓMICA IPBLN
- Institute: INSTITUTO DE PARASITOLOGIA Y BIOMEDICINA LOPEZ NEYRA
- Locality: Armilla (Granada)
- Service's web: http://www.ipb.csic.es/servicios/GenomicaySintesisdeOligonucleotidos/index.html
La Unidad de Genómica es parte integrante de los Servicios de Apoyo a la Investigación del centro. Se encuentra ubicada en el PT de Ciencias de la Salud de Granada, lo que le proporciona un enclave privilegiado para la cooperación e interacción científica con multitud de grupos de investigación en el sector biosanitario. El objetivo principal de la Unidad es prestar soporte científico y tecnológico en el área de la genómica a los grupos de investigación en el ámbito nacional que lo requieran, así como la implementación de nuevas tecnologías y protocolos de utilidad para el desarrollo de la actividad científica. Entre los servicios ofertados se cuentan: secuenciación de DNA, análisis de fragmentos de DNA, purificación automática de ácidos nucléicos, síntesis de oligonucleótidos y análisis de calidad de RNA. Asímismo, la Unidad desempeña labores de formación y asesoramiento del personal investigador y colabora activamente en tareas de divulgación científica.
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
Benefit description
In the IPBLN Genomics Facility we are experts in the preparation of genomic and transcriptomic libraries for various applications: metabarcoding, metagenomics, RNA-seq, metatranscriptomics, ChIP-seq, RIP-seq, etc... The libraries can be generated in bulk from DNA or RNA samples obtained from biological material, or they can be generated in the context of single cell assays. For the latter, we have two high-throughput single-cell sequencing platforms that allow us to perform cell capture and labeling: the Chromium platform from 10x Genomics and the Rhapsody platform from BD Biosciences. Transcriptomics, immune profiling, chromatin accessibility or multiome (combined ATACseq+RNA-seq studies) assays can be performed at single cell resolution. Each project is managed in a personalized way, according to the scientific objectives of the research group and the specific needs of the samples, adjusting the protocols if necessary.| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| Bloqueo PCR | 1.26 € | 1.38 € | |
| Librerías RNA total | 239.06 € | 261.83 € | |
| QC Librerías Bioanalyzer HS | 136.59 € | 149.59 € | |
| Cuantificación Librerías ddPCR | 137.03 € | 150.08 € | |
| SingleCell MXK Human | 272.62 € | 298.58 € | |
| SingleCell AbSeq | 45.66 € | 50.00 € | |
| SingleCell Captura WTA/Panel | 1915.94 € | 2098.41 € | |
| SingleCell Librería Panel | 652.75 € | 714.92 € | |
| SingleCell Librería WTA | 291.08 € | 318.80 € | |
| Fragmentación DNA/RNA Covaris | 13.45 € | 14.73 € | |
| Librerías DNA | 77.12 € | 84.46 € | |
| Librerías Metabarcoding | 25.54 € | 27.98 € | |
| Librerías mRNA | 123.75 € | 135.53 € | |
| Librerías DNA Tagmentación | 106.74 € | 116.91 € | |
| SingleCell MXK Mouse | 198.51 € | 217.42 € | |
| SingleCell MXK Núcleo | 73.91 € | 80.95 € | |
| SingleCell Captura ATAC | 1962.71 € | 2149.64 € | |
| SingleCell Captura Multiomica | 2448.34 € | 2681.52 € | |
| SingleCell Librería ATAC | 596.34 € | 653.14 € | |
| SingleCell Librería Multiómica | 773.81 € | 847.51 € | |
| SingleCell Librería VDJ | 533.75 € | 584.58 € |
Other services
- Análisis de calidad de RNA, DNA, ácidos nucleicos
- Análisis de fragmentos de DNA
- Preparación, purificación o cuantificación de muestras de DNA y RNA
- Secuenciación de DNA
- Consultoría Experimental y Técnica
- Electroforesis capilar
- Ultrasecuenciación - NGS - Secuenciación de segunda generación - Secuenciación masiva en paralelo
- Transcriptómica espacial
Service general data
- Support unit: Servicio de Certificaciones y Análisis del Instituto Botánico de Barcelona (certibb)
- Institute: INSTITUTO BOTANICO DE BARCELONA
- Locality: Barcelona (Barcelona)
- Service's web: http://www.ibb.csic.es/
Con el objetivo de maximizar la transferencia de tecnología a las empresas, a otras instituciones de investigación y a la sociedad en general, el IBB creó en 2013 una unidad de servicios (CertIBB). Esta unidad ofrece servicios de formación, análisis y consultoría basados en su personal científico y técnico y sus instalaciones especializadas. El servicio de certificaciones y análisis del IBB tiene la misión de proporcionar a otros centros de investigación, empresas y a la sociedad en general, una serie de herramientas y técnicas moleculares y taxonómicas, así como la prestación de consultoría y formación a través de los servicios. Para ello, el IBB dispone de personal científico y técnico de experiencia probada, de un herbario de referencia con 800000 pliegos, una biblioteca especializada, laboratorios completamente equipados, cámaras de cultivo, invernaderos y mariposario.
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
Benefit description
SELECTION BY SIZE OF GENETIC FRAGMENTS In genomic library preparation protocols for high-throughput sequencing platforms (Next Generation Sequencing) it is often necessary to apply methods for selecting DNA and RNA fragments by size. Some examples of protocols include the construction of "paired-end", "mate-pair" or RNAseq libraries. The service offers to perform a selection by size of genetic fragments in an automated way, guaranteeing greater specificity in the size of the fragments and higher quality of the extracted DNA / RNA. Service offered: - Selection and automated capture of DNA and RNA fragments, within a range of 90 bp to 8 kb, using a PippinPrep instrument (Sage Science). - Each unit can incorporate up to 4 libraries. -Advice on the preparation and handling of samples| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|
Service general data
- Support unit: Servicio Científico-Técnico de Genotipado
- Institute: INSTITUTO PIRENAICO DE ECOLOGIA
- Locality: Zaragoza (Zaragoza)
- Service's web: http://www.ipe.csic.es/
El Servicio científico-Técnico de Genotipado Molecular es un servicio de creación reciente en el IPE-CSIC, diseñado para la realización de trabajos moleculares y asesoría cualificada. El servicio está orientado a trabajos de metabarcoding, filogenias moleculares, genética de poblaciones, biogeografía, transcriptómica, etc... y para ello se ofrecen servicios específicos de extracción de ADN en diferentes modalidades, cuantificación de ácidos nucleicos y asesoría científico técnica. El Servicio C-T de Genotipado Molecular dispone del equipamiento básico necesario para poner a punto técnicas de trabajo con ADN (extracción, cuantificación y amplificación), así como la preparación del material orientado a técnicas de Secuenciación de Nueva Generación (preparación de librerías, incubaciones de restricción o hibridaciones y enriquecimientoS). Actualmente, los análisis de genotipado molecular son una herramiento básica en botánica, ecología o zoología.
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
Benefit description
General conditions: Preparation of genomic DNA libraries with the NEBNext Ultra II kit for already fragmented samples or with the NEBNext Ultra II FS kit for unfragmented samples (consult suitability) for subsequent flow in NGS on the Illumina platform. Priced in blocks of 8 samples. Specific cases. Contact the service responsables.| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| Genoteca con NEBNext Ultra II 8 muestras | 96.43 € | 105.61 € | |
| Genoteca con NEBNext Ultra II FS 8 muestras | 106.80 € | 116.98 € |
Service general data
- Support unit: LABORATORIO DE TECNOLOGÍAS ÓMICAS Y BIOINFORMATICA
- Institute: CENTRO DE INVESTIGACIONES INTERDISCIPLINARES DE ALCALA
- Locality: Alcalá de Henares (Madrid)
Las tecnologías ómicas son aquellas basadas en metodologías que permiten la obtención de grandes cantidades de datos acerca uno o millones de analitos de una muestra o de millones de células independientemente, con el objetivo de obtener una visión global y a la vez profunda de los cambios moleculares asociados a un estado fisiológico o patológico. El laboratorio de tecnologías ómicas, pretende aportar estas tecnologías a los estudios en neurociencia que se realizan en el CSIC y en nuestro entorno. El laboratorio está equipado con lo necesario para hacer estudios de secuenciación masiva tanto de genomas completos, como de transcriptomas de tejido completo o de célula única y el análisis bioinformático de los resultados gracias a nuestra unidad de bioinformática integrada en nuestro laboratorio.
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
Benefit description
Transcriptomic Library preparation for RNAseq, scRNAseq and spatial scRNAseq experiments| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| Preparación de librerías de scRNAseq de tejido fijado 10x | 554.08 € | 606.85 € | |
| Libreria SMARTseq | 143.00 € | 156.62 € | |
| Librería scRNAseq 10xgenomics Next Gem Epi ATA+multiome | 4879.57 € | 5344.29 € | |
| Libreria Trasncriptoma NGS Illumina | 299.38 € | 327.89 € | |
| Librería single cell 3' 10xgenomics | 3614.76 € | 3959.02 € | |
| Librería Spatial Single cell RNAseq. Curio sin slide | 593.50 € | 650.02 € | |
| Librerías de scRNAseq de tejido fijado 10xgen sin reactivos | 554.08 € | 606.85 € | |
| Librerías de célula única Illumina T20 | 1511.46 € | 1655.41 € | |
| Librerías de NGS de trasncriptoma humano Iontorrent | 2204.72 € | 2414.69 € | |
| Librerías de NGS de trasncriptoma de ratón iontorrent | 2208.16 € | 2418.46 € | |
| Visium HD 3' Spatial Gene Expression | 6146.31 € | 6731.67 € | |
| Visium HD Spatial Panel Gene Expression 6,5mm | 6127.25 € | 6710.79 € | |
| Visium HD Spatial Panel Gene Expression 11mm | 7595.66 € | 8319.06 € | |
| Xenium in situ Gene Expression v1 SIN REACTIVOS | 695.76 € | 762.02 € | |
| Librería de Transcriptomica espacial Stratamap | 5090.38 € | 5575.17 € | |
| Librerías de célula única Illumina T10 | 1352.91 € | 1481.76 € | |
| Librería de célula única Illumina T100 | 5342.50 € | 5851.31 € | |
| Librería single cell 3' 10xgenomics | 0.00 € | 0.00 € | |
| Visium HD 3' Spatial Gene Expression | 0.00 € | 0.00 € |
Other services
- Análisis de calidad de RNA, DNA, ácidos nucleicos
- Secuenciación
- Asistencia Bioinformática para proyectos de Genómica y Proteómica
- Ultrasecuenciación: Análisis bioinformático de expresión génica diferencial y de procesamiento alternativo en experimentos de RNA-seq
- Ultrasecuenciación: Análisis Bioinformático de expresión génica diferencial en experimentos de célula única (single cell RNA-Seq)
- Disociación mecánico-enzimática de tejidos