- Áreas de investigación
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- Biología y Biomedicina
- Grupo
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- Proteómica, Genómica y Metabolómica
- Proteómica, Genómica y Metabolómica
- Subgroup
-
- Genómica
- Proteómica
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
| Support unit | Support unit Information | Selected service | Other services |
|---|---|---|---|
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CBM - Madrid |
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IPBLN - Armilla |
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Servicio de Certificaciones y Análisis del Instituto Botánico de Barcelona (certibb) IBB - Barcelona |
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Servicio Científico-Técnico de Genotipado IPE - Zaragoza |
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LABORATORIO DE TECNOLOGÍAS ÓMICAS IC - Madrid |
Service general data
- Support unit: GENÓMICA
- Institute: CENTRO DE BIOLOGIA MOLECULAR SEVERO OCHOA
- Locality: Madrid (Madrid)
- Service's web: http://www.cbm.uam.es/genomica
El Servicio de Genómica y Secuenciación Masiva del CBMSO es responsable de la implementación y desarrollo de tecnologías de biología molecular y genómica. La filosofía del servicio radica fundamentalmente en adaptarse lo más posible a las necesidades del usuario. Por ello, el modelo de funcionamiento es muy abierto y se basa en dos aspectos principales: la atención individualizada (tanto en diseño como realización y análisis de experimentos) y la posibilidad de uso autónomo (mediante reserva electrónica) de la mayoría de los equipos adscritos al servicio. Esto permite al usuario decidir su nivel de implicación en cada proyecto según sus necesidades y circunstancias.
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
Benefit description
Library preparation for next generation sequencing. Library preparation from single cell experiments.| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| Single Cell 3'mRNA 10X | muestra | 3317.82 € | 3633.8 € |
| Single Cell mediant Combinatorial bacording proces de muestr | muestra | 890.68 € | 975.51 € |
| Single Cell 10X procesado de muestras | muestra | 150.73 € | 165.08 € |
| Librerias 3'mRNA | muestra | 98.39 € | 107.76 € |
| Single Cell Chip 10X | Chip | 575.52 € | 630.33 € |
Service general data
- Support unit: UNIDAD DE GENÓMICA IPBLN
- Institute: INSTITUTO DE PARASITOLOGIA Y BIOMEDICINA LOPEZ NEYRA
- Locality: Armilla (Granada)
- Service's web: http://www.ipb.csic.es/servicios/GenomicaySintesisdeOligonucleotidos/index.html
La Unidad de Genómica es parte integrante de los Servicios de Apoyo a la Investigación del centro. Se encuentra ubicada en el PT de Ciencias de la Salud de Granada, lo que le proporciona un enclave privilegiado para la cooperación e interacción científica con multitud de grupos de investigación en el sector biosanitario. El objetivo principal de la Unidad es prestar soporte científico y tecnológico en el área de la genómica a los grupos de investigación en el ámbito nacional que lo requieran, así como la implementación de nuevas tecnologías y protocolos de utilidad para el desarrollo de la actividad científica. Entre los servicios ofertados se cuentan: secuenciación de DNA, análisis de fragmentos de DNA, purificación automática de ácidos nucléicos, síntesis de oligonucleótidos y análisis de calidad de RNA. Asímismo, la Unidad desempeña labores de formación y asesoramiento del personal investigador y colabora activamente en tareas de divulgación científica.
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
Benefit description
In the IPBLN Genomics Facility we are experts in the preparation of genomic and transcriptomic libraries for various applications: metabarcoding, metagenomics, RNA-seq, metatranscriptomics, ChIP-seq, RIP-seq, etc... The libraries can be generated in bulk from DNA or RNA samples obtained from biological material, or they can be generated in the context of single cell assays. For the latter, we have two high-throughput single-cell sequencing platforms that allow us to perform cell capture and labeling: the Chromium platform from 10x Genomics and the Rhapsody platform from BD Biosciences. Transcriptomics, immune profiling, chromatin accessibility or multiome (combined ATACseq+RNA-seq studies) assays can be performed at single cell resolution. Each project is managed in a personalized way, according to the scientific objectives of the research group and the specific needs of the samples, adjusting the protocols if necessary.| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| SingleCell 10x Chip | Chip | 724.01 € | 792.97 € |
| Single Cell 10x GEMs Multiome | reacción | 6786.25 € | 7432.56 € |
| SingleCell Rhapsody Captura | cartucho | 2525.64 € | 2766.17 € |
| Librerías DNA Tagmentación | muestra | 100.09 € | 109.62 € |
| Librerías RNA total | muestra | 225.76 € | 247.26 € |
| SingleCell Rhapsody Librería WTA | librería | 708.03 € | 775.47 € |
| Fragmentación DNA/RNA Covaris | muestra | 14.93 € | 16.35 € |
| SingleCell 10x FeatBar | muestra | 155 € | 169.77 € |
| Librerías Metabarcoding | muestra | 25.2 € | 27.6 € |
| SingleCell Rhapsody AbSeq | muestra | 44.44 € | 48.68 € |
| SingleCell Rhapsody Librería Panel | librería | 788.54 € | 863.64 € |
| Cuantificación Librerías ddPCR | € / 8 muestras | 130.23 € | 142.63 € |
| Librerías smallRNA | muestra | 157.29 € | 172.27 € |
| Librerías mRNA | muestra | 114.98 € | 125.93 € |
| Librerías DNA | muestra | 76.69 € | 83.99 € |
| SingleCell 10x VDJ | reacción | 99.29 € | 108.75 € |
| QC Librerías Bioanalyzer HS | chip (11 muestras) | 144.65 € | 158.42 € |
| SingleCell 10x CellPlex | muestra | 321.34 € | 351.94 € |
| Bloqueo PCR | muestra | 1.32 € | 1.45 € |
| SingleCell 10x GEMs | reacción | 3944.23 € | 4319.87 € |
| SingleCell 10x Librería | librería | 250.43 € | 274.28 € |
| SingleCell Rhapsody Multiplex | muestra | 287.85 € | 315.27 € |
Other services
- Análisis de calidad de RNA, DNA, ácidos nucleicos
- Análisis de fragmentos de DNA
- Preparación, purificación o cuantificación de muestras de DNA y RNA
- Secuenciación de DNA
- Consultoría Experimental y Técnica
- Electroforesis capilar
- Ultrasecuenciación - NGS - Secuenciación de segunda generación - Secuenciación masiva en paralelo
- Transcriptómica espacial
Service general data
- Support unit: Servicio de Certificaciones y Análisis del Instituto Botánico de Barcelona (certibb)
- Institute: INSTITUTO BOTANICO DE BARCELONA
- Locality: Barcelona (Barcelona)
- Service's web: http://www.ibb.csic.es/
Con el objetivo de maximizar la transferencia de tecnología a las empresas, a otras instituciones de investigación y a la sociedad en general, el IBB creó en 2013 una unidad de servicios (CertIBB). Esta unidad ofrece servicios de formación, análisis y consultoría basados en su personal científico y técnico y sus instalaciones especializadas. El servicio de certificaciones y análisis del IBB tiene la misión de proporcionar a otros centros de investigación, empresas y a la sociedad en general, una serie de herramientas y técnicas moleculares y taxonómicas, así como la prestación de consultoría y formación a través de los servicios. Para ello, el IBB dispone de personal científico y técnico de experiencia probada, de un herbario de referencia con 800000 pliegos, una biblioteca especializada, laboratorios completamente equipados, cámaras de cultivo, invernaderos y mariposario.
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
Benefit description
SELECTION BY SIZE OF GENETIC FRAGMENTS In genomic library preparation protocols for high-throughput sequencing platforms (Next Generation Sequencing) it is often necessary to apply methods for selecting DNA and RNA fragments by size. Some examples of protocols include the construction of "paired-end", "mate-pair" or RNAseq libraries. The service offers to perform a selection by size of genetic fragments in an automated way, guaranteeing greater specificity in the size of the fragments and higher quality of the extracted DNA / RNA. Service offered: - Selection and automated capture of DNA and RNA fragments, within a range of 90 bp to 8 kb, using a PippinPrep instrument (Sage Science). - Each unit can incorporate up to 4 libraries. -Advice on the preparation and handling of samples| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| Selección por tamaño de fragmentos genéticos - 4 muestras | € / 4 muestras | 175.58 € | 192.3 € |
Service general data
- Support unit: Servicio Científico-Técnico de Genotipado
- Institute: INSTITUTO PIRENAICO DE ECOLOGIA
- Locality: Zaragoza (Zaragoza)
- Service's web: http://www.ipe.csic.es/
El Servicio científico-Técnico de Genotipado Molecular es un servicio de creación reciente en el IPE-CSIC, diseñado para la realización de trabajos moleculares y asesoría cualificada. El servicio está orientado a trabajos de metabarcoding, filogenias moleculares, genética de poblaciones, biogeografía, transcriptómica, etc... y para ello se ofrecen servicios específicos de extracción de ADN en diferentes modalidades, cuantificación de ácidos nucleicos y asesoría científico técnica. El Servicio C-T de Genotipado Molecular dispone del equipamiento básico necesario para poner a punto técnicas de trabajo con ADN (extracción, cuantificación y amplificación), así como la preparación del material orientado a técnicas de Secuenciación de Nueva Generación (preparación de librerías, incubaciones de restricción o hibridaciones y enriquecimientoS). Actualmente, los análisis de genotipado molecular son una herramiento básica en botánica, ecología o zoología.
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
Benefit description
General conditions: Preparation of genomic DNA libraries with the NEBNext Ultra II kit for already fragmented samples or with the NEBNext Ultra II FS kit for unfragmented samples (consult suitability) for subsequent flow in NGS on the Illumina platform. Priced in blocks of 8 samples. Specific cases. Contact the service responsables.| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| Genoteca con NEBNext Ultra II 8 muestras | € /muestras | 83.14 € | 91.06 € |
| Genoteca con NEBNext Ultra II FS 8 muestras | € / muestras | 90.92 € | 99.58 € |
Service general data
- Support unit: LABORATORIO DE TECNOLOGÍAS ÓMICAS
- Institute: INSTITUTO CAJAL
- Locality: Madrid (Madrid)
- Service's web: http://www.cajal.csic.es/
Las tecnologías ómicas son aquellas basadas en metodologías que permiten la obtención de grandes cantidades de datos acerca uno o millones de analitos de una muestra o de millones de células independientemente, con el objetivo de obtener una visión global y a la vez profunda de los cambios moleculares asociados a un estado fisiológico o patológico. El laboratorio de tecnologías ómicas, pretende aportar estas tecnologías a los estudios en neurociencia que se realizan en el CSIC y en nuestro entorno. El laboratorio está equipado con lo necesario para hacer estudios de secuenciación masiva tanto de genomas completos, como de transcriptomas de tejido completo o de célula única y el análisis bioinformático de los resultados gracias a nuestra unidad de bioinformática integrada en nuestro laboratorio.
Preparation of genomic and transcriptomic libraries
Benefit description
Transcriptomic Library preparation for RNAseq, scRNAseq and spatial scRNAseq experiments| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| Libreria Trasncriptoma NGS Illumina | € / muestra | 188.43 € | 206.37 € |
| Librerías -Single Cell ATACSeq+RNAseq | € / muestra | 12218.65 € | 13382.33 € |
| Librerías de single cell con resolución espacial 3x3 | 8 secciones | 289.33 € | 316.89 € |
| Librería single cell 3' 10xgenomics | muestra | 3582.61 € | 3923.81 € |
| Libreria SMARTseq | € / muestra | 179.78 € | 196.9 € |
| Librería singel cell RNAseq tejido fijado 10xgenomics | euros / experimento | 3808.33 € | 4171.02 € |