Protein identification using LC-ESI-MS/MS

Creado en 1999, el servicio de Proteómica del CNB mantiene una plataforma tecnológica para la identificación y caracterización masiva de proteínas, ofreciendo sus servicios tanto al CNB como a investigadores externos. El análisis masivo de proteínas (LC-MS/MS) se lleva a cabo mediante cromatografía nano-HPLC multidimensional acoplada a dos espectrómetros de masas modelo Thermo Orbitrap Explorios OE240 a un instrumento MALDI TOF/TOF MS. La proteómica diferencial o cuantitativa se realiza mediante previo marcaje isotópico estable, metabólico (SILAC) o químico (TMT) en combinación con análisis LC-MS/MS. Podemos realizar análisis dirigido PRM-MS (parallel reaction monitoring), y DIA (Data Independent Acquisition) . Enriquecimiento específico de modificaciones postraduccionales, particularmente fosfopéptidos, seguidos de análisis LC-MS/MS. Análisis de gluten en alimentos mediante la caracterización de prolamina.

La investigación Proteómica implica la identificación y la caracterización de todo el perfil proteico de una célula, tejido u organismo, en un contexto espacial y temporal. El estudio incluye isoformas, mutantes, modificaciones e interacciones proteína-proteína/s. La trayectoria del Servicio de Proteómica ha sido paralela a la evolución de la comunidad científica, y sus objetivos son ofrecer soporte científico-técnico al investigador, con métodos apropiados para la preparación de la muestra y diseñando un flujo de trabajo para cada objetivo. Se utilizan todas las técnicas y equipamiento disponibles, se implementan mejoras en los protocolos, y se interpretan y analizan los resultados obtenidos. La cartera de servicios (a grupos del CBM-SO y a externos) es amplia, desde la confirmación de la secuencia de una proteína recombinante, a la cuantificación relativa de proteomas, la caracterización de modificaciones post-traduccionales y de mutaciones, de interactomas o la secuenciación De Novo

El principal objetivo de la Unidad es proporcionar soporte tecnológico en el análisis de proteínas y otras biomoléculas, mediante el uso de espectrometría de masas, cromatografía líquida, interferometría en biocapa y electroforesis en gel. Las diferentes prestaciones se ofrecen a Investigadores de Centros y Entidades de titularidad tanto pública como privada. Entre estas, destacar: - Determinación de masa molecular de biomoléculas - Identificación de proteínas con nLC-MS/MS - Cromatografía líquida en columna - Interferometría en biocapa (BLI) Equipamiento: - Espectrómetro de masas ESI-Ion Trap (IT) Amazon Speed ETD (Bruker) - Cromatógrafo Easy-nLC II (Thermo) - Cromatógrafo de ultra alta resolución (UPLC) Serie Nexera (Shimadzu) - FPLC AKTA Purifier (GE Healthcare) - Octet 96 RED (Sartorius) - Picador de geles ExQuest Spot Cutter (Bio-Rad) - Digestor automático DigestPro MS (Intavis AG) - Equipo electroforesis en gel (Bio-Rad)

En la Unidad de Proteómica del CIC, nos esforzamos por proporcionar a los investigadores acceso a las últimas tecnologías de análisis del proteoma. Nuestros objetivos son: ofrecer servicios de análisis utilizando un amplio espectro de técnicas para la separación de proteínas y péptidos, así como técnicas basadas en la espectrometría de masas para caracterizar y cuantificar analitos a partir de muestras biológicas complejas, y desarrollar y poner a punto nuevos métodos que se están desarrollando en proteómica. Nuestros servicios se ofrecen a toda la comunidad científica proporcionando asesoramiento técnico sobre diseño experimental proteómico y control de calidad de los procesos realizados. La propia instalación y sus protocolos experimentales cuentan con certificación desde 2006 según la norma UNE-EN-ISO 9001:2015. El sistema de gestión de la salud y la seguridad en el trabajo de las instalaciones también ha sido certificado mediante el sistema OHSAS18001 en 2006 con la transición