Protein Identification by LC-MS/MS (<5 Proteins)

Descripción del servicio

LC MS/MS es una aproximación muy eficiente tanto para la caracterización exhaustiva de la secuencia de una proteína como para una caracterización general de las proteínas presentes en un extracto proteico o proteoma completo. La muestra se digiere con tripsina y los digeridos trípticos se cargan en un sistema de cromatografía capilar acoplado en línea al espectrómetro de masas a través de una interfase de microelectrospray (también llamada de nanospray). Los péptidos se separan mediante cromatografía de fase reversa utilizando un gradiente de acetonitrilo y son directamente eluidos y electropulverizados al interior del espectrómetro de masas. El espectrómetro realiza ciclos de barridos que consisten en un barrido completo donde se determina la masa de los péptidos que están eluyendo en un determinado momento, seguido de 5-10 barridos de MS/MS consecutivos sobre los 5-10 iones más abundantes detectados en el espectro de barrido completo. La identificación de los péptidos en el digerido y por tanto de la proteína original, se lleva a cabo a partir de los datos de MS/MS utilizando SEQUEST como motor de búsqueda. Nota: Cuando los datos de secuenciación no pueden ser enfrentados a la correspondiente base de datos (por ejemplo con especies parcialmente anotadas o por la presencia de modificaciones no esperadas), existe la posibilidad de analizar los datos de novo utilizando el software PEAKS.