Protein Identification by LC-MS/MS (<50 proteins)

Descripción de la prestación

Digestión triptica y separación de mezclas sencillas de proteínas ( menos de 50 proteínas) mediante cromatografía líquida e identificación mediante espectrometría de masas triple cuadrupolo y tiempo de vuelo.

Descripción de la prestación

La cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas en tándem, o LC-MS/MS, es una técnica altamente eficaz para la caracterización detallada de la secuencia de una proteína y para el análisis global de las proteínas presentes en un extracto proteico o en un proteoma completo. El proceso comienza con la digestión de la muestra mediante tripsina. Los péptidos resultantes se introducen en un sistema de cromatografía capilar conectado en línea al espectrómetro de masas mediante una interfaz de microelectrospray o nanospray. A continuación, los péptidos se separan por cromatografía de fase reversa utilizando un gradiente de acetonitrilo. Tras la separación, se eluyen y se ionizan directamente en el espectrómetro de masas. El equipo realiza ciclos de adquisición que incluyen un barrido completo, en el que se determina la relación masa/carga de los péptidos que eluyen en cada momento, seguido de entre 10 y 30 análisis MS/MS sobre los iones más abundantes detectados. Estos espectros de fragmentación permiten identificar los péptidos presentes en la muestra y, a partir de ellos, las proteínas de origen. La identificación se lleva a cabo mediante la comparación de los datos de MS/MS con bases de datos de secuencias utilizando diferentes motores de búsqueda. Análisis de novo: Cuando los datos no pueden compararse adecuadamente con una base de datos de referencia —por ejemplo, en especies parcialmente anotadas o en presencia de modificaciones inesperadas—, es posible realizar una secuenciación de novo mediante el software PEAKS.