- Áreas de investigación
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- Biología y Biomedicina
- Grupo
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- Proteómica, Genómica y Metabolómica
- Subgroup
-
- Genómica
Training in bioinformatics: analysis of genomic data, microchips, PERL programming, etc.
Service general data
- Support unit: INFORMÁTICA CIENTÍFICA
- Institute: CENTRO NACIONAL DE BIOTECNOLOGIA
- Locality: Madrid (Madrid)
- Service's web: http://www.cnb.csic.es/
Idiomas: EN, ES, FR. Bioinformática: análisis de datos procedentes de secuenciación masiva (NGS), metagenómica, análisis, anotación y ensamblaje de genomas, filogenia, etc. Biocomputación: Modelado y simulación de macromoléculas, e interacciones moleculares, dinámica molecular, docking, análisis de afinidad por drogas, modelos de química cuántica. Computación Científica: modelos matemáticos, estadísticos y epidemiológicos complejos. Desarrollo y programación científica: (+20 lenguajes, web, paralela y distribuída) Formación: Realización de cursos de ámbito internacional en los temas de experiencia del servicio, tales como: Bioestatistics, Phylogeny, Metagenomics, Programming, Molecular Modeling. Coordinación: coordinación con otros servicios, instituciones y grupos de investigación a nivel internacional. Equipamiento: Equipo de cómputo dedicado, acceso a los clusters del CNB, del CSIC y del CESGA. Servidor web: cnb.csic.es
Training in bioinformatics: analysis of genomic data, microchips, PERL programming, etc.
Benefit description
The service has been delivering training courses since its beginning at the beginning of the '90s and has a long standing experience in delivering local, national and international courses in a wide variety of topics, both locally and in many countries and institutions, at all levels. Training in Biostatistics, Programming (R, Perl, Python, C, Fortran, etc...), Artificial Intelligence, Machine Learning and Big Data Training in data analysis of NGS, (DNAseq, RNAseq, Proteomics, Pangenomics, Metagenomics, annotation, etc.) Training in Computational Biology (Molecular Mechanics/Dynamics, Quantum Mechanics/Dynamics, Docking, Screening, etc.)| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| Formacion (30h course) | 1451.45 € | 1589.69 € |
Service general data
- Support unit: BIOINFORMÁTICA MARINA
- Institute: INSTITUTO DE CIENCIAS DEL MAR
- Locality: Barcelona (Barcelona)
- Service's web: http://www.icm.csic.es/
El Servicio de Bioinformática Marina (SBM) ofrece soluciones integradas para la gestión, almacenamiento y análisis de datos de secuenciación masiva de ADN de microorganismos marinos, aunque por su infraestructura y funcionamiento, puede también abrirse a otros organismos marinos (peces, cnidarios, etc). El núcleo del servicio es un cluster de computación IBM IDataPlex con 288 unidades de proceso y 1000 GB de RAM en 12 nodos de computación, escalable a 40 nodos, así como un servidor DELL PowerEdge T710 con 16 CPU y 16 GB de RAM y un servidor de backup Supermicro 6047R-E1R36N con 48 TB de almacenamiento. El SBM puede desde realizar análisis completos de datos de secuenciación, a la formación en biología computacional de sus usuarios, pasando por la gestión y desarrollo de software a medida.
Training in bioinformatics: analysis of genomic data, microchips, PERL programming, etc.
Benefit description
Formation to empower users of the service to work autonomously from the command line in UNIX environments. UNIX file system, ssh, ftp, bash and awk commands, submission of batch jobs to the SLURM scheduler. Introduction to scripting. Introduction to the basic software packages to analyze genomic data: BLAST+, QIIME, samtools, fastx toolkit, fastqc, assemblers, Galaxy, etc. Introduction to R and bioconductor. Conditioned to contracting the "Usage of bioinformatics HPC cluster" service.| Options | Unit | Public Sector | Other customers |
|---|---|---|---|
| Formación en bioinformática | 108.34 € | 173.34 € |