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El servicio está especializado en determinaciones físicas químicas en muestras líquidas (aguas naturales) y sólidas (sedimentos y plantas) para el estudio ecológico y biogeoquímico de los ecosistemas acuáticos continentales, así como análisis microbiológicos complementarios. Cuenta con Analizador Elemental Perkin Elmer 2400 Serie II, Espectrofotómetro Lambda 35 (Perkin Elmer), analizador de Carbono Orgánico Total marca Shimadzu, modelo TOC-V CSH que lleva acoplado un módulo de detección de Nitrógeno Total para la serie TOC-V, un Analizador de flujo segmentado en continuo SEAL Analytical AutoAnalyzer 3 y un Cromatógrafo de Gases Agilent Technologies 6890N. Aparte, el servicio cuenta con toda la equipación necesaria para los análisis químicos (estufa, mufla, baños de arena, placas calefactoras, pH-metro, centrífugas, etc.). El laboratorio está dotado con una balanza analítica (alcance 120 g; d 0,0001) Mettler-Toledo ML104/01 y una micro balanza (alcance 6 g; d 0,000001) Mettler-Toledo X