Análisis computacional de datos

Descripción de la prestación

Entre sus prestaciones de análisis computacional de datos el Servicio ofrece: -Selección de Métodos de Preprocesamiento y Análisis: Identificamos las herramientas y métodos de preprocesamiento y análisis de datos adecuados para el tipo de secuenciación. -Planificación de Control de Calidad: Definimos estrategias para el control de calidad de los datos de secuenciación, como la eliminación de secuencias de baja calidad, la detección de artefactos y la evaluación de la cobertura. -Análisis computacional de datos de secuenciación masiva (NGS): re-secuenciación (DNA-seq), ensamblaje de novo, RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, CLIP-seq, Exome-seq, Ribo-seq, IsoSeq, Single-cell, metabolómica, metagenómica 16S, 18S, ITS y de otro tipo de amplicones y shotgun. Análisis de enriquecimiento de rutas, búsqueda de variantes germinales o somáticas, SNP/InDel, CNV y variantes estructurales, microarrays, etc. Representación gráfica de los resultados de forma personalizada acorde a los requerimientos del usuario. -Análisis computacional de datos de proteómica y metabolómica: Análisis estadístico de multivarianza de datos de proteómica y metabolómica, análisis de componentes principales (PCA) o de discriminación lineal (LDA) para agrupación de muestras dependiendo de la expresión de ciertas proteínas/metabolitos. Mapeo de proteínas/metabolitos en rutas metabólicas conocidas para analizar perfiles diferenciales. Representación gráfica de los resultados de forma personalizada acorde a los requerimientos del usuario. -Análisis de integración de datos multiómicos: Combinación de datos ómicos de NGS como de genómica, transcriptómica, etc junto a los de metabolómica y proteómica para compresión completa de procesos biológicos. Análisis de aprendizaje automático para construir modelos predictivos. Representación gráfica de los resultados de forma personalizada acorde a los requerimientos del usuario. -Desarrollo, implementación y creación de software personalizado para el análisis de datos: Programación en diferentes lenguajes de acuerdo a las necesidades del Servicio (Phyton, R, Bash, Tcsh, etc.) para desarrollar scripts ad hoc. -Análisis estadístico de datos experimentales: análisis exploratorio, test de hipótesis con métodos paramétricos y no paramétricos, métodos de estadística robusta, ANOVA, análisis de componentes principales (PCA), minería de datos (machine learning), curvas ROC, etc. Representación gráfica de los resultados de forma personalizada acorde a los requerimientos del usuario. -Envío de secuencias a repositorios europeos, concretamente al European Nucleotide Archive (ENA) y European Genome-phenome Archive (EGA) perteneciente al European Bioinformatics Institute (EBI). Es una forma segura y confidencial de mantener los datos, además de ser requisito indispensable a la hora de publicar los resultados en revistas científicas. Como usuarios colaboradores de ENA (Brokers), nos encargamos del mantenimiento de los datos, así como de renovar la privacidad de los mismos.