PIF2025 - Relevancia patológica de la insulación de los dominios reguladores propocionada de manera cooperativa por CTCF y la competición entre promotores - (PID2024-157249OB-I00)

Basándonos en resultados previos de nuestro grupo (Ealo et al., Nat Comm, 2024; Sanchez-Gaya et al., NAR, 2023; Laugsch et al., Cell Stem Cell, 2019), el objetivo de este proyecto es evaluar si deleciones identificadas en familias de pacientes con displasia frontonasal alteran el aislamiento sinérgico proporcionado por la competencia del promotor de SIX2 y por insuladores unidos por CTCF. Esto podría ocasionar una inducción fuerte y perjudicial de SIX3 en el mesénquima frontonasal, ocasionando los defectos característicos de esta enfermedad congénita. Para comprobar esta hipótesis, utilizaremos la tecnología CRISPR para generar líneas de iPSC humanas con deleciones que abarcan SIX2, los insuladores unidos por CTCF o ambos. Posteriormente, las iPSC se diferenciarán hacia células mesenquimales derivadas de la cresta neural para evaluar cómo las deleciones afectan (i) la expresión de SIX3, (ii) la organización tridimensional de la cromatina de los dominios de SIX3/SIX2; (iii) los patrones de unión de SIX3 y SIX2 a elementos reguladores y las marcas epigenéticas de estos elementos, (iv) los perfiles de expresión génica y propiedades de diferenciación de las células mesenquimales. Para cumplir estos objetivos, la persona contratada recibirá formación en: 1. Generación de líneas de hiPSC transgénicas mediante tecnología CRISPR-Cas. 2. Diferenciación de hiPSC en células mesenquimales derivadas de la cresta neural. 3. Técnicas genómicas: ChIP-seq, RNA-seq, scRNA-seq, RCMC.