Se realiza la separación cromatográfica de proteínas. La capacidad máxima de carga de la columna será de 10 mg de proteínas y el volumen a inyectar será de 25 a 500 ul. Se recoge el eluido de la columna en diferentes fracciones, cuyo volumen puede ser variable. El usuario deberá aportar los solventes a utilizar. Esta variante se realiza sin determinación de los volúmenes de retención de proteínas estándares como marcadores de masa molecular. Si se quiere obtener una curva de calibración, se deberá solicitar adicionalmente una Cromatografía de Exclusión Molecular de Marcadores.