Fragmentación de DNA

Descripción del servicio

Descripción: La fragmentación del ADN es un paso fundamental para la construcción de librerías genómicas para la posterior aplicación de protocolos de secuenciación de nueva generación, además de otras aplicaciones (ver detalles en el apartado de Aplicaciones). Entre los diferentes métodos existentes (agentes físicos, químicos y enzimáticos), este servicio ofrece la fragmentación mediante sonicación, proceso a través del cual las muestras de ADN son sujetas a cizallamiento hidrodinámico por exposición a breves períodos de sonicación controlada. Este proceso es altamente eficiente en comparación con otros métodos, llegando a alcanzar una alta sensibilidad. Se trata de un proceso reproducible e independiente del personal que lo realiza, condiciones ambientales o cambio de equipo. Equipamiento disponible: Sonicador Qsonica - Q800R3 (https://www.sonicator.com/products/q800r-sonicator). Sistema de fragmentación de ADN y cromatina en líquido. El equipo permite realizar la fragmentación de ADN dentro de un rango objetivo de tamaños considerablemente amplio (de 150 bp hasta 3 kb). El tamaño a fragmentar dependerá del objetivo metodológico posterior. Es capaz de procesar de una hasta 18 muestras simultáneamente. El volumen requerido para cada una de ellas oscila entre 50 µl y 1 mL. Se utilizan tubos comerciales de medida y forma estándar de laboratorio molecular (0,3 mL tubos PCR, 0,5 mL tubos PCR y 1,5 mL tubos de poliestireno). El tiempo programable es de 1 segundo a 10 horas. Catálogo de aplicaciones técnicas del equipamiento: - Obtención de fragmentos de ADN para la construcción de librerías genómicas para aplicaciones de secuenciación de alto rendimiento (NGS) incluyendo: whole genome sequencing, genome skimming, sequence capture, RAD-seq, GBS. - Fragmentación de cromatina - ChIP y ChIP-seq - Transcriptómica (RNA-seq) - Extracción de proteínas - Lisis celular Servicio ofrecido: - Asesoramiento en la preparación y análisis de muestras - Realización de test de ajuste de tiempo de fragmentación y condiciones de sonicación - Optimización de protocolos y asistencia técnica para solución de problemas