Determinación estructural de proteínas

Creado en 1999, el servicio de Proteómica del CNB mantiene una plataforma tecnológica para la identificación y caracterización masiva de proteínas, ofreciendo sus servicios tanto al CNB como a investigadores externos. El análisis masivo de proteínas (LC-MS/MS) se lleva a cabo mediante cromatografía nano-HPLC multidimensional acoplada a dos espectrómetros de masas modelo Thermo Orbitrap Explorios OE240 a un instrumento MALDI TOF/TOF MS. La proteómica diferencial o cuantitativa se realiza mediante previo marcaje isotópico estable, metabólico (SILAC) o químico (TMT) en combinación con análisis LC-MS/MS. Podemos realizar análisis dirigido PRM-MS (parallel reaction monitoring), y DIA (Data Independent Acquisition) . Enriquecimiento específico de modificaciones postraduccionales, particularmente fosfopéptidos, seguidos de análisis LC-MS/MS. Análisis de gluten en alimentos mediante la caracterización de prolamina.

La investigación Proteómica implica la identificación y la caracterización de todo el perfil proteico de una célula, tejido u organismo, en un contexto espacial y temporal. El estudio incluye isoformas, mutantes, modificaciones e interacciones proteína-proteína/s. La trayectoria del Servicio de Proteómica ha sido paralela a la evolución de la comunidad científica, y sus objetivos son ofrecer soporte científico-técnico al investigador, con métodos apropiados para la preparación de la muestra y diseñando un flujo de trabajo para cada objetivo. Se utilizan todas las técnicas y equipamiento disponibles, se implementan mejoras en los protocolos, y se interpretan y analizan los resultados obtenidos. La cartera de servicios (a grupos del CBM-SO y a externos) es amplia, desde la confirmación de la secuencia de una proteína recombinante, a la cuantificación relativa de proteomas, la caracterización de modificaciones post-traduccionales y de mutaciones, de interactomas o la secuenciación De Novo

El Laboratorio posee la instrumentación y técnicas más avanzadas en el campo de la espectroscopía de RMN para la resolución de problemas de índole estructural o de interacciones moleculares que puedan presentarse en el desarrollo de los trabajos de los diferentes centros de investigación. Los servicios que ofrece el laboratorio son: Adquisición e interpretación de experimentos mono y multidimensionales para moléculas pequeñas, péptidos, proteínas, ADN, ARN y productos naturales. El equipamiento del que se dispone es: Espectrómetro Bruker AV-600, que puede ser equipado con criosonda TXI (1H,13C,15N) con gradientes en Z, sonda TXI (1H,13C,15N), TBI (1H,13C, BB) de 5 mm con gradientes, sonda de 8 mm TXI (1H,13C,15N) con gradientes en Z, una sonda de 10 mm (1H-BB reverse) sin gradientes. Espectrómetro Bruker AV-800 US2, equipado con criosonda TCI (1H,13C,15N) con gradientes en Z y dos sondas de de 5mm con gradientes en XYZ: TXI (1H,13C,15N), QXI (1H, 13C, 15N, 31P).