Bioinformatic assistance for Genomics and Proteomics projects

Los actuales avances en las tecnologías relacionadas con la genómica, como los microarrays de ADN o, más recientemente, la secuenciación masiva de ADN y ARN, permiten a los investigadores recopilar enormes cantidades de datos genómicos en muy poco tiempo y a un coste relativamente bajo. Para transformar los datos (crudos) en resultados y éstos, en conclusiones biológicas de relevancia, se requiere integrar conocimientos cientifico-técnicos específicos en el ámbito de la biología, la bioestadística y la informática, así como el uso de equipos y métodos computacionales especiales. El servicio BioinfoGP del CNB-CSIC proporciona a los investigadores un soporte bionformático global para el análisis, la visualización y la interpretación de los datos obtenidos en sus proyectos de Genómica.

Creado en 1999, el servicio de Proteómica del CNB mantiene una plataforma tecnológica para la identificación y caracterización masiva de proteínas, ofreciendo sus servicios tanto al CNB como a investigadores externos. El análisis masivo de proteínas (LC-MS/MS) se lleva a cabo mediante cromatografía nano-HPLC multidimensional acoplada a dos espectrómetros de masas modelo Thermo Orbitrap Explorios OE240 a un instrumento MALDI TOF/TOF MS. La proteómica diferencial o cuantitativa se realiza mediante previo marcaje isotópico estable, metabólico (SILAC) o químico (TMT) en combinación con análisis LC-MS/MS. Podemos realizar análisis dirigido PRM-MS (parallel reaction monitoring), y DIA (Data Independent Acquisition) . Enriquecimiento específico de modificaciones postraduccionales, particularmente fosfopéptidos, seguidos de análisis LC-MS/MS. Análisis de gluten en alimentos mediante la caracterización de prolamina.

La Unidad de Bioinformática ofrece soporte técnico y científico integral para el análisis de datos bioinformáticos tanto a usuarios del IBMCC como externos. La unidad, dirigida por el Dr. Diego Alonso desde su lanzamiento en 2008, ha realizado diversos análisis de datos biológicos a partir de más de 3,000 muestras proporcionadas por distintos laboratorios y centros de investigación en toda España durante la última década. Con una amplia experiencia en el análisis de datos genómicos y transcriptómicos, así como en redes biológicas, la unidad utiliza tecnologías y herramientas de vanguardia para ofrecer resultados de alta calidad. Nuestros servicios incluyen análisis de datos, asesoría en el diseño experimental y soluciones personalizadas en Bioinformática adaptadas a las necesidades específicas de investigación.

La investigación Proteómica implica la identificación y la caracterización de todo el perfil proteico de una célula, tejido u organismo, en un contexto espacial y temporal. El estudio incluye isoformas, mutantes, modificaciones e interacciones proteína-proteína/s. La trayectoria del Servicio de Proteómica ha sido paralela a la evolución de la comunidad científica, y sus objetivos son ofrecer soporte científico-técnico al investigador, con métodos apropiados para la preparación de la muestra y diseñando un flujo de trabajo para cada objetivo. Se utilizan todas las técnicas y equipamiento disponibles, se implementan mejoras en los protocolos, y se interpretan y analizan los resultados obtenidos. La cartera de servicios (a grupos del CBM-SO y a externos) es amplia, desde la confirmación de la secuencia de una proteína recombinante, a la cuantificación relativa de proteomas, la caracterización de modificaciones post-traduccionales y de mutaciones, de interactomas o la secuenciación De Novo

El grupo de inmunología y genómica tiene como objetivo incrementar el conocimiento sobre transcriptómica y proteómica de la respuesta inmune de peces y moluscos frente a patógenos. Además intentamos identificar genes que se puedan emplear como marcadores en procesos de selección genética y mejorar la respuesta inmune mediante el uso de inmunoestimulantes y vacunas. También prestamos apoyo a los investigadores en el análisis e interpretación de datos obtenidos mediante técnicas experimentales de secuenciación masiva.