Descripción del servicio
Los miARN pueden expresarse preferentemente en ciertos tipos de células, tejidos, etapas de desarrollo o, en particular, en enfermedades como el cáncer. Dado que la secuenciación profunda (miRNA-seq o Small RNASeq) genera millones de lecturas de una muestra dada, nos permite perfilar miRNAs; ya sea cuantificando su abundancia absoluta, para descubrir sus variantes (conocidas como isomires). Así vez, como como la longitud promedio de las lecturas de secuencia es más larga que el miRNA promedio (17-25 nt), los extremos 3 'y 5' del miRNA debe encontrarse en la misma lectura. Existen varios algoritmos de cuantificación de abundancia de miARN que proporcionan la abundancia de cada miARN identificado. Después de cuantificar las abundancias de miRNAs para cada muestra, sus niveles de expresión se pueden comparar entre muestras. Entonces sería posible identificar miRNA que se expresan preferentemente en puntos temporales particulares, o en tejidos o estados de enfermedad particulares. Después de normalizar el número de lecturas mapeadas entre muestras, uno puede usar una serie de pruebas estadísticas (como las que se usan en el perfil de expresión génica) para determinar la expresión diferencial.
Otra ventaja del miRNA-seq (smallRNAseq) es que permite el descubrimiento de nuevos miRNA que pueden haber eludido los métodos tradicionales de detección. Existen varios algoritmos de descubrimiento de nuevos miRNA. Sus pasos generales son los siguientes:
Obtener lecturas que no se alineen con las secuencias de miARN conocidas y mapee el genoma.
Para las secuencias de miARN donde se encuentra una coincidencia exacta, se obtiene la secuencia genómica que incluye ~ 100 pb de secuencia de flanqueo a cada lado, y a través de un software de plegamiento de ARN comprobar que las secuencias plegadas que se encuentran en un brazo de la horquilla de miARN y tienen un mínimo La energía libre de menos de ~ 25kcal / mol se clasifica como miARN putativo.
Las secuencias preseleccionadas se recortan para incluir solo la posible secuencia precursora y luego se vuelven a plegar para garantizar que el precursor no esté estabilizado artificialmente por secuencias vecinas.
Las secuencias plegadas resultantes se consideran nuevos miRNAs si la secuencia de miRNA se encuentra dentro de un brazo de la horquilla, y están altamente conservadas entre especies.
Las nuevas secuencias de miARN se identifican en función del patrón de expresión característico que muestran debido al procesamiento DICER: una mayor expresión del miARN maduro sobre las secuencias de cadena y bucle de estrella.
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