Simulación atómica y molecular (ab-initio , Gaussian, ...)

Descripción del servicio

Optimización y análisis de estructura molecular Se proporciona asistencia en todo el proceso desde la planificación incial y redacción de proyectos hasta la elaboración del informe y final y publicaciones científicas. El análisis procederá de forma progresiva, empezándose por los métodos menos costosos y evaluando los resultados a cada paso para decidir si merece la pena progresar hacia los pasos siguientes o cuáles de ellos conviene realizar. Actualmente, el servicio está en condiciones de realizar cálculos de optimización y análisis de estructura electrónica fina para sistemas macromoleculares (proteínas, complejos o complejos con ligandos). Se pueden realizar cálculos de orbitales moleculares y reactividad de un sustrato en el sitio activo de una proteína o complejo, y realizar análisis para determinar el estado de transición considerando la influencia del entorno macromolecular, tanto en modelos de solvente implícito como explícito. Para realizar este tipo de análisis es necesario disponer de información previa respecto al sistema a estudiar. Aunque el servicio incluirá búsquedas bibliográficas pertinentes en el proceso de análisis, cuanta más información pueda aportarse inicialmente, mejor. Además, se recomienda al usuario familiarizarse con el sistema en estudio con el fín de poder valorar críticamente los resultados producidos. Modelado de partes incompletas de la molécula - Obtención de estructuras de bases de datos (biológicas, como PDB, drogas y productos químicos, como ZINC, cristalografía geológica, como AMCSD, etc..). - Modelado por homolgía de macromoléculas biológicas - Modelado por threading - Modelado de bucles ausentes - Adición de cadenas laterales incompletas - ab initio structural modeling - Adición de H y asignación de cargas Mecánica Molecular - Generación de parámetros del campo de fuerzas en caso de necesidad (p. ej. ligandos) - Minimización de energía por mecánica molecular empleando un campo de fuerzas apropiado Dinámica Molecular - Equilibrado NVT - Equilibrado NPT - Carrera de producción - Análisis de la trayectoria, movilidad, propiedades, obtención de conformaciones representativas, etc... Anillamiento simulado - Ciclos sucesivos de calentamiento y enfriamiento seguidos de una minimización final Exploración conformacional - DInámica molecular o anillamiento simulado - Análisis de la trayectoria y selección de las conformaciónes de menor energía - Minimización de las conformaciones seleccionadas Optimización SQM - Adición de H - Optimización de H - Inspección de interacciones (puentes de H, puentes salinos, etc...) - Ajuste y optimización adicionales Optimización restringida con referencia propia - Optimización de la estructura constreñida por la propia estructura de partida Optimización sin restricción Análisis de estructura electrónica fina - Análisis puntual de estructura fina obteniéndose propiedades relevantes en la medida de lo posible (se seleccionará la tecnología más completa que pueda usarse en un periodo de tiempo razonable para el sistema analizado) - Análisis de distribución de carga - Análisis de orbitales moleculares - Análisis de orbitales de frontera - Análisis de reactividad - Análisis de densidad electrónica - Cálculos de Energía - Cálculos de estados excitados - Cálculos de estados alternativos (isómeros, tautómeros...) Identificación de estados de transición - ajustes sucesivos desde productos y sustratos - cálculos de silla de montar Tecnologías Campos de fuerzas: dependiendo del tipo de molécula - AMBER, CHARMM, GROMACS (proteínas, ácidos nucleícos cuando están soportados) - MMFF94, MMFF94S, GAFF, OPLS-AA, UFF (cualquier tipo de átomo) Dependiendo del tamaño de la molécula - MM: GROMACS, OpenBabel, NAMD (macromoléculas) - SQM, DFT: MOPAC20xx, SIESTA - Ab initio: GAMESS-US, NWChem, ORCA, MPQC, ErgoSCF, FreeON, Abinit, OpenDX, etc...