Preparación, purificación o cuantificación de muestras de DNA y RNA

Para usuarios externos que lo requieran, se realiza una extraccion del DNA procedentes de biopsia de tejidos (cola, oreja) o de clones de células ES que se envian para su análisis.
En el caso de microinyeccion de transgenes, la ultima purificacion y dilucion se realiza por el Servicio
En la generación de modelos basados en la utilización de CRISPR/Cas9, el servicio realiza la validación in vitro antes de su utilización en embriones o células

Purificación de Ácidos Nucléicos : ADN genómico, ADN plasmídico. Escalas : Miniprep, Midiprep y Maxiprep.
ARN total a partir de tejido o cultivos celulares.
Para más información contactar con la Unidad (ver Contacto en menú principal)

Extracción y purificación de muestras de ADN y ARN mediante los protocolos adecuados para cada tipo de muestra.
Para la cuantificación de ADN y ARN se dispone de un equipo Qubit (fluorómetro) o de un equipo Nanodrop ND-1000 (espectrofotómetro). Los resultados se expresan en ng/µl y en el caso del Nanodrop también se pueden facilitar los índices de pureza 260/280 y 260/230.

Extracción de ácidos nucleicos y cuantificación con nanodrop (ADN y ARN). Purificación de fragmentos amplificados por PCR

Extracción de ácidos nucleicos mediante el equipo Maxwell16 de Promega:
Extracciones realizadas por personal del servicio a partir de muestras de usuarios.
Uso autónomo del equipo.

Para usuarios externos que lo requieran, se realiza una extraccion del DNA procedentes de biopsia de tejidos (cola, oreja) o de clones de células ES que se envian para su análisis.
En el caso de microinyeccion de transgenes, la ultima purificacion y dilucion se realiza por el Servicio
En la generación de modelos basados en la utilización de CRISPR/Cas9, el servicio realiza la validación in vitro antes de su utilización en embriones o células

Muestras de ADN nativo o amplificado, serán purificadas y preparadas, en el caso de las amplificadas, para su secuenciación. En el caso de ADN nativo, su preparación, por ejemplo, para elaboración de genotecas, llevará a una adecuación de la concentración.

EXTRACCION DE ÁCIDOS NUCLEICOS DE CÉLULAS, TEJIDOS, MUESTRAS FFPE..
El Servicio de Genómica dispone de un equipo para extracción automatizada de ADN o ARN de muestras de diversas procedencias. El Qiacube nos ha permitido automatizar la extracción de ácidos nucleícos empleando los kits de columnas de Qiagen para diferentes aplicaciones.
Hasta la fecha se han procesado en el Laboratorio muestras de sangre humana, cócleas de ratón y rata, cerebro, colas de ratón, páncreas, células en cultivo, muestras FFPE (testículo, piel, cerebro, páncreas, corazón, riñón, músculo, bazo, pulmón, próstata, estómago, hígado,intestino grueso..)¿lo que nos ha permitido tener puestos a punto más de 20 protocolos de extracción diferentes.
La calidad y cantidad de estas muestras puede posteriormente valorarse en el Servicio mediante cuantificación espectrofotométrica (Nanodrop); cuantificación fluorescente (Qubit); análisis de integridad del RNA (Bioanalizador) o PCR en tiempo real frente a endógenos como 18S o RPLP0 de muestras FFPE.
El Servicio emite un informe con los resultados
Consultar en https://www.iib.uam.es/portal/web/genomica/normas para más información y para ver cómo deben traerse las muestras al Servicio

Extracción de ácidos nucleicos y su preparación para efectuar otros análisis

Este servicio ofrece la extracción y purificación automática de ácidos nucleicos en formato mini.
Existen tres modalidades:
- DNA plasmídico
- DNA genómico a partir de cultivos celulares
- RNA total a partir de cultivos celulares
También se ofrece la cuantificación de ácidos nucleicos tanto por espectrofotometría con Nanodrop como por fluorometría con Qubit.
Las muestras biológicas para la extracción serán entregadas directamente personal de la Unidad acompañadas de la correspondiente solicitud y cumpliendo las indicaciones recogidas en nuestra web para cada una de las modalidades.
Una vez finalizado el proceso de extracción, se procederá a la cuantificación de las muestras mediante espectrofotometría en nanodrop y su almacenaje a -20ºC. Los usuarios serán avisados telefónicamente o a través de correo electrónico para que pasen personalmente a recoger sus muestras por el laboratorio de secuenciación junto con el informe espectrofotométrico. El horario de recogida será de lunes a viernes de 9 a 15 horas.
Equipamiento:
Robot Qiacube (Qiagen)
Espectrofotómetro Nanodrop ND-1000