- Áreas Científicas relacionadas
- Biología y Biomedicina
- Ciencia y Tecnología de Alimentos
- Ciencias Agrarias
- Grupo
- Proteómica, Genómica y Metabolómica
- Subagrupación
- Proteómica
Peptide Mass Fingerprinting by MS-MALDI TOF
Unidad de servicio | Información de la unidad de servicio | Prestación seleccionada | Otras prestaciones de servicio |
---|---|---|---|
CBM - Madrid |
![]() | ![]() |
![]() |
SERVICIO DE ANÁLISIS DE PROTEÍNAS IBVF - Sevilla |
![]() | ![]() |
![]() |
IQAC - Barcelona |
![]() | ![]() |
![]() |
IIBB - Barcelona |
![]() | ![]() |
![]() |
Datos Generales del Servicio
Datos del servicio
- Unidad de servicio: PROTEÓMICA
- Instituto: CENTRO DE BIOLOGIA MOLECULAR SEVERO OCHOA
- Localidad: Madrid (Madrid)
- Web del servicio: http://www.cbm.uam.es/proteomica.htm ,http://www.proteored.org
Descripción del servicio
Desde 1993 la trayectoria del Servicio de Proteómica del CBMSO ha sido paralela a la evolución de la comunidad científica en el estudio de las proteínas y sus objetivos son ofrecer apoyo y asesoramiento al investigador con métodos apropiados para preparar la muestra y diseñando el flujo de trabajo óptimo para cada objetivo. El laboratorio está equipado con sistemas de electroforesis 1D y 2D y tres espectrómetros de masas, un MALDI-TOF (Bruker), un LTQ-VELOS (2D-Trampa iónica en tándem-Thermo-Scientific) y un LTQ-ORBITRAP-VELOS-PRO (2D-Trampa iónica en tándem acoplada a un analizador Orbitrap-Thermo-Scientific). Nuestro Servicio ha sido usado por numerosos proyectos de investigación en toda España. Servicios: Análisis de Peso Molecular de Péptidos y Proteínas Preparación de Muestras Identificación de Proteínas mediante Mapeo Peptídico (MS-MALDI-TOF) Identificación de proteínas mediante LC-MS/MS (Ion Trap) Caracterización de Proteinas Secuenciación De Novo
Contacto
Peptide Mass Fingerprinting by MS-MALDI TOF
Descripción del servicio
Instrucciones para el usuario:
1. Los solventes empleados deben de ser de alto grado análitico.
2. El recipiente utilizado será preferiblemente nuevo.
3. Los usuarios extremarán la precaución en la manipulación para evitar la contaminación con queratinas.
4. Correr en un carril estándares de peso molecular no modificados.
5. Los usuarios traerán el gel al Servicio en metanol-acético-agua (50:10:40).
6. No cortar las bandas/spots.
Procedimiento:
Las bandas/spots de proteínas (de geles 1D o 2D) se digieren con tripsina (Promega, Madison, WI, USA) (1). Después de desalar la muestra, una alícuota (0,5 ul) del sobrenadante de la digestión tríptica se analiza directamente en un espectrómetro de masas de tipo MALDI-TOF, empleando un modelo Autoflex de Bruker Daltonic (Bremen, Alemania) equipado con un reflector y utilizando como matriz ácido 2,5-dihidroxibenzoico y una placa con superficie Anchor-Chip (Bruker Daltonic). Los espectros de masas obtenidos son utilizados como huella peptídica para la identificación de proteínas en bases de datos (NCBI no redundante, http://www.ncbi.nih.gov) empleando el programa MASCOT http://matrixscience.com (2).
Se considera la puntuación p1. Naranjo V, Villar M, Martín-Hernando MP, Vidal D, Höfle U, Gortazar C, Kocan KM, Vázquez J, de la Fuente J: Proteomic and transcriptomic analyses of differential stress/inflammatory responses in mandibular lymph nodes and oropharyngeal tonsils of European wild boars naturally infected with Mycobacterium bovis. Proteomics 2007, 7:220-231.
2. Perkins DN, Pappin DJ, Creasy DM, Cottrell JS: Probability-based protein identification by searching sequence databases using mass spectrometry data. Electrophoresis 1999, 20:3551-3367.
Opciones | Unidad | Sector público | Otros clientes |
---|---|---|---|
Peptide Mass Fingerprinting by MS-MALDI TOF | muestra | 78.7 € | 86.19 € |
Contacto
Otras prestaciones de servicio
- Análisis de compuestos por Espectrometría de Masas: MALDI-TOF
- Protein Identification by LC-MS/MS (<50 proteins)
- Protein Identification by LC-MS/MS (<5 Proteins)
- Protein Identification by LC/MS/MS (>50 proteins)
- No hay prestaciones de servicio asociadas a esta unidad
- Coomassie Gel Staining
- Análisis de datos, diseño de experimentos, formación y asesoría
- Preparación de muestras
- 1D Electrophoresis SDS-PAGE
- Estudio proteómico cuantitativo comparativo por iTRAQ
- Desalting and concentration by Zip-Tip
- Digestión de muestra
- Determinación de modificaciones postraduccionales
Datos Generales del Servicio
Datos del servicio
- Unidad de servicio: SERVICIO DE ANÁLISIS DE PROTEÍNAS
- Instituto: INSTITUTO DE BIOQUIMICA VEGETAL Y FOTOSINTESIS
- Localidad: Sevilla (Sevilla)
- Web del servicio: http://www.ibvf.csic.es/descripcion-analisis-proteinas
Descripción del servicio
El objetivo principal del Servicio de Análisis de Proteínas del IBVF es la identificación de proteínas de interés biológico, así como la determinación de masas moleculares de péptidos y proteínas en solución, mediante espectrometría de masas. Para ello, cuenta con diferentes equipos para la preparación y el análisis de las muestras: -Sistema para el recorte automatizado de proteínas en gel de una o dos dimensiones, Modelo EXQuest Biorad. -Espectrómetro de masas con analizador de tiempo de vuelo e ionización por desorción láser asistida por matriz (MALDI-TOF) con capacidad para fragmentar péptidos, Modelo 5800, ABsciex. -Espectrómetro de masas híbrido, Triple cuadrupolo-TOF acoplado a nanoLC, Modelo 5600, ABsciex que permite análisis LC-MS/MS.
Contacto
Peptide Mass Fingerprinting by MS-MALDI TOF
Descripción del servicio
Las bandas se incuban con proteasas (generalmente tripsina a 1 nmol por microlitro en bicarbonato amónico 50 mM durante 4h a 30ºC), que rompen las proteinas en una conjunto de peptidos. Los peptidos se extraen por sonicacion en trifluoracético 0.5%. Los péptidos se mezclan con una matriz adecuada (generalmente HCCA) sobre una placa de maldi y de la forma anteriormente indicada en la determinación de masas moleculares, en el maldi-tof, se obtiene un espectro característico y único para cada proteina que es lo que se conoce como huella peptídica (peptide mass fingerprinting). Los valores obtenidos de m/z del conjunto de péptidos de una proteína particular, se comparan con los teóricos de proteínas de secuencia conocidas ( mediantes algoritmos complejos), y se obtiene una puntuación a la identidad de la proteina en función de la correlación encontrada. La identificación correcta requiere que las base de datos contengan la secuencia específica de la proteína en cuestión (o al menos su correspondiente secuencia de ADN). En Internet hay diferentes motores de búsqueda para la identificacion de proteinas que utilizan algoritmos basados en teorías estadíticas complejas y en puntuaciones basadas en probabilidades. Nosotros generalmente usamos MASCOT de Matrix-Science (http://www.matrix-science.com).
Opciones | Unidad | Sector público | Otros clientes |
---|---|---|---|
Peptide Mass Fingerprinting by MS-MALDI TOF/TOF | € / muestra | 86.93 € | 95.21 € |
Peptide Mass Fingerprinting by MS-MALDI TOF | € / muestra | 66.42 € | 72.75 € |
Contacto
Otras prestaciones de servicio
- Análisis de compuestos por Espectrometría de Masas: MALDI-TOF
- Protein Identification by LC-MS/MS (<50 proteins)
- Protein Identification by LC-MS/MS (<5 Proteins)
- Protein Identification by LC/MS/MS (>50 proteins)
- No hay prestaciones de servicio asociadas a esta unidad
Datos Generales del Servicio
Datos del servicio
- Unidad de servicio: PROTEÓMICA
- Instituto: INSTITUTO DE QUIMICA AVANZADA DE CATALUÑA
- Localidad: Barcelona (Barcelona)
Descripción del servicio
El objetivo principal del servicio es dar apoyo científico y tecnológico en el área de la proteómica a los investigadores del IQAC y IDAEA así como de otros ámbitos, tanto públicos como privados. Entre nuestras principales actividades se encuentra la separación, cuantificación, identificación y caracterización de péptidos y proteínas en sistemas de interés biológico y biomédico mediante técnicas de electroforesis bidimensional y espectrometría de masas. Otras actividades que realizamos mediante espectrometría de masas es la determinación de la masa molecular de diferentes especies moleculares tanto de origen sintético como ambiental facilitando así su elucidación estructural. El servicio dispone de la técnica MALDI MSImaging que permite detectar la distribución de moléculas de diferentes masa en un corte de tejido u otro tipo de material sin necesidad de marcaje. El laboratorio dispone de un sistema completo de separación de proteínas mediante electroforesis bidimensional.
Contacto
Peptide Mass Fingerprinting by MS-MALDI TOF
Descripción del servicio
La huella peptídica (del inglés peptide mass fingerprinting, PMF) es una técnica analítica para la identificación de proteínas a partir de un digerido tríptico, cuyas masas se pueden medir con precisión mediante MALDI-TOF MS. Estas masas se comparan con una base de datos que contiene secuencias de proteínas conocidas. Las masas absolutas de los péptidos de cada proteína que se calculan teóricamente nos permitirá la comparación de masa entre los péptidos de la proteína desconocida y las masas peptídicas teóricas de cada proteína para encontrar el que se ajusta mejor.
El análisis mediante PMF puede realizarse con proteínas en solución o con proteínas procedentes de SDS-PAGE previa modificación química. Las proteínas son digeridas en varios fragmentos mediante enzimas proteolíticas para generar los péptidos que serán analizados.
Una pequeña fracción del péptido se deposita sobre la placa MALDI junto con la matriz adecuada y, a continuación las moléculas de la matriz y de péptido co-cristalizan en la placa de MALDI para proceder a su análisis. Tras insertar la placa en la cámara de vacío del espectrómetro de masas, la desorción e ionización de los fragmentos de polipéptido es iniciado por un haz láser. Los iones son acelerados en el campo eléctrico del espectrómetro de masas y vuelan hacia un detector de iones, donde se detecta su llegada como una señal. El análisis de espectrometría de masas nos proporciona una lista de pesos moleculares de los fragmentos. Las masas de péptidos se comparan con bases de datos de proteínas tales como Swissprot, NCBInr, que contienen información de la secuencia de proteínas proporcionándonos posibles coincidencias.
El espectrómetro de masas que utilizamos para el análisis es un Autoflex III MALDI-TOF-TOF. Para el procesamiento de los datos se utilizan diferentes software, siendo todos ellos Bruker. La adquisición de espectros de masas se hace con Flex Control, para el procesamiento de espectros y anotaciones usamos el Flex Analysis, y para el procesamiento adicional y búsqueda de datos se utilizan BioTools y Sequence Editor (Bruker). El motor de búsqueda que utilizamos para la identificación de proteínas es MASCOT (MatrixScience, UK).
Opciones | Unidad | Sector público | Otros clientes |
---|---|---|---|
multisample | € por muestra | 24.72 € | 27.07 € |
Peptide Mass Fingerprinting by MS-MALDI TOF | € / muestra | 48.14 € | 52.73 € |
Contacto
Otras prestaciones de servicio
- Análisis de compuestos por Espectrometría de Masas: MALDI-TOF
- Peptide Mass Fingerprinting MS - MS/MS by MALDI TOF/TOF
- Digestión de muestra
- Electroforesis 2D
- 1D Electrophoresis SDS-PAGE
- No hay prestaciones de servicio asociadas a esta unidad
Datos Generales del Servicio
Datos del servicio
- Unidad de servicio: SERVICIO DE PROTEÓMICA IIBB
- Instituto: INSTITUTO DE INVESTIGACIONES BIOMEDICAS DE BARCELONA
- Localidad: Barcelona (Barcelona)
- Web del servicio: proteomica.uab.cat
Descripción del servicio
Laboratorio de Análisis Proteómico provisto de la tecnología necesaria para el análisis cualitativo y cuantitativo de proteomas a gran escala así como para la identificación y cuantificación de péptidos y proteínas diana. El laboratorio ocupa un espacio de 90 m2 en el que se disponen 4 espectrómetros de masas (4800 MALDI-TOF/TOF, Quantum Triple Quadrupole , LTQ Velos Linear ion trap y Orbitrap XL), diversos sistemas acoplados para cromatografía líquida convencional y nanocapilar (2xAgilet 1200, 2X Agilent 1100) y un sistema de IEF preparativo (IEF off-gel). Dispone asimismo de un robot para digestión automática (DigestPro MS, Intavis) y de los sistemas necesarios para la realización de geles 2D de tamaño pequeño y grande (2 x IPGphor y 2 x Ettan Dalt VI (GE), Protean y MiniProtean (BioRad)) así como para la adquisición y análisis de las imágenes (Scanner y SameSpots software). Dispone asimismo de aparataje propio necesario para el trabajo diario (centrífugas, arcones, etc).
Contacto
Peptide Mass Fingerprinting by MS-MALDI TOF
Descripción del servicio
MALDI TOF MS
Una alícuota del digerido proteico se coloca en una placa MALDI donde se mezcla con una matriz (ácido alfa-ciano-4 -hidroxicinamico habitualmente) y se deja secar. La muestra cristalizada se analiza en un espectrómetro de masas MALDI -TOF (4800 TOF/TOF, ABSciex) utilizando el modo reflector de iones positivos . El análisis se realiza en modo automático promediando los espectros obtenidos a partir de 4000-5000 disparos en el rango de m/z de 750 a 4500. Cada espectro se calibra externamente mediante el uso de una mezcla péptidos estándar ( des- Arg1 - bradiquinina (Mr 904.46 ) , Glu1 - fibrinopéptido B (Sr. 1.570,68 ) , la angiotensina - 1 , (Sr. 1.296,69 ) , ACTH 1-17 (Sr. 2.093,09 ) , ACTH 18-39 (Sr. 2.465,20 ) , ACTH 7-38 (Sr. 3.657,93 ) y , cuando es posible , una calibración interna usando los iones derivados de la auto-digestión con tripsina (Mr 842,5100 , 1045,5642 , 2011,1046 , 2807,3145 y 3337,7577 ). Los espectros obtenidos proveen de la masa exacta de los péptidos de digestión presentes en la muestra. Esta colección de masas de péptidos constituye una huella dactilar de la secuencia de proteína original. Las proteínas se identifican a partir de estas huellas utilizando herramientas bioinformáticas que las comparan con los perfiles esperados a partir de las secuencias en las bases de datos de proteínas.
Nota:
Cuando la proteína no puede ser identificada vía PMF o se requiere una validación de los datos PMF, es posible realizar un análisis TOF/TOF MS/MS sobre la misma muestra (Ver Peptide Mass Fingerprinting MS - MS/MS BY MALDI TOF/TOF). El digerido proteico puede analizarse también por electrospray MS/MS (Ver LC MS/MS identification and nESI MS/MS identification). Este método es complementario al de MALDI-TOF ya que a menudo aporta una diferente selectividad de ionización así como una mayor eficiencia en la secuenciación. Sin embargo, la identificación mediante ESI MS/MS requiere un tiempo mayor y tiene un mayor coste económico.
Opciones | Unidad | Sector público | Otros clientes |
---|---|---|---|
Peptide Mass Fingerprinting by MS-MALDI TOF | € / muestra | 60.67 € | 66.45 € |
Contacto
Otras prestaciones de servicio
- Análisis de compuestos por Espectrometría de Masas: MALDI-TOF
- Análisis proteómico cuantitativo por TMT
- Análisis de datos, diseño de experimentos, formación y asesoría
- Estudio proteómico cuantitativo comparativo por iTRAQ
- Coomassie Gel Staining
- Análisis de compuestos: MS MALDI-ToF
- Digestión FASP
- Determinación de modificaciones postraduccionales
- Identificación de proteínas mediante secuenciación de novo
- Estudio proteómico cuantitativo comparativo por MRM
- Protein Identification by LC-MS/MS (<50 proteins)
- Protein Identification by LC-MS/MS (<5 Proteins)
- Peptide Mass Fingerprinting MS - MS/MS by MALDI TOF/TOF
- 1D Electrophoresis SDS-PAGE
- Protein Identification by LC/MS/MS (>50 proteins)
- No hay prestaciones de servicio asociadas a esta unidad
- Protein Separation by HPLC
- Protein Identificacion by 2D LC-MS/MS (>5 fractions)
- Protein Identification by 2D LC-MS/MS (2 - 5 fractions)
- Tinción de gel con Plata