Descripción del servicio
Los métodos basados en espectrometría de masas para la identificación de proteínas se han convertido en una plataforma estándar en proteómica. Las estrategias más populares basadas en MS comienzan con la digestión proteolítica de las proteínas en péptidos antes de su análisis en el espectrómetro de masas. La digestión de las proteínas en péptidos de un tamaño similar, ayuda a solventar los problemas de solubilidad y manipulación asociados con las proteínas intactas y genera fragmentos de péptidos que son fácilmente ionizables en el espectrómetro de masas. Los iones-péptidos se miden primero como iones de fragmentos intactos, a continuación, seleccionados en base a su valor m/z, se someten a disociación inducida por colisión (CID), en un proceso conocido como espectrometría de masas en tándem (MS / MS). Bajo las condiciones de baja energía empleadas para CID, los péptidos ionizados se fragmentan en patrones predecibles. Debido a que los patrones de fragmentación son predecibles, los espectros teóricos pueden ser construidos a partir de las secuencias en bases de datos de proteínas o de nucleótidos. Los algoritmos informáticos utilizan los patrones de fragmentación CID de los péptidos de la muestra para determinar la secuencia del péptido, y esta información de la secuencia se utiliza para buscar frente a los espectros teóricos generados a partir de bases de datos de nucleótidos y proteínas. La identificación de proteínas se hace mediante la búsqueda de la mejor correlación entre la información de la secuencia obtenida experimentalmente y las secuencias en la base de datos.
Instrucciones para el usuario:
1. Correr un gel SDS-PAGE para poder estimar la cantidad de proteína presente en la muestra, la complejidad proteína, el rango dinámico y el nivel de contaminantes.
2. La muestra puede estar en gel o en solución.
3. La cantidad mínima de muestra depende del espectrómetro de masas que se utilice.
Procedimiento:
Los digeridos de proteínas se analizan mediante LC-MS/MS en un espectrómetro de masas LTQ-Velos (Thermo Scientific) o en un espectrómetro de masas LTQ-Orbitrap-Velos-Pro (Thermo Scientific). El equipo LTQ-Velos está acoplado a un cromatógrafo líquido de alta resolución (HPLC) Agilent 1100 y el equipo LTQ-Orbitrap-Velos-Pro está acoplado a un cromatógrafo líquido de alta resolución (HPLC) Easy-nLC II de Proxeon, para la separación de péptidos. La elección del instrumento (determinada por el personal del Servicio de Proteómica) depende del proyecto y de la cantidad de muestra disponible.
Normalmente, el gradiente empleado para muestras de baja complejidad (<5 proteínas) es de 90 min, pero, a medida que aumenta la complejidad, se aumentan proporcionalmente los tiempos de gradiente.
La identificación de péptidos, a partir de los ficheros raw, se realiza con el programa PEAKS Studio Xpro (Bioinformatics Solutions).
Cuadro de opciones y precios
Opciones |
Unidad |
Sector Público |
Otros Clientes |
ESI - ION TRAP - Gradiente largo |
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178.42 € |
195.41 € |
ESI - ION TRAP - Gradiente extra-corto |
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77.92 € |
85.35 € |
ES I- ION TRAP - Gradiente medio |
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142.12 € |
155.65 € |
ESI - ION TRAP - Gradiente corto |
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107.15 € |
117.35 € |