Creado en 1999, el servicio de Proteómica del CNB mantiene una plataforma tecnológica para la identificación y caracterización masiva de proteínas, ofreciendo sus servicios tanto al CNB como a investigadores externos. El análisis masivo de proteínas (LC-MS/MS) se lleva a cabo mediante cromatografía nano-HPLC multidimensional acoplada bien a un espectrómetro de masas de trampa iónica, a un equipo QTOF MS o a un instrumento MALDI TOF/TOF MS. La proteómica diferencial o cuantitativa se realiza mediante previo marcaje isotópico estable, metabólico (SILAC) o químico (iTRAQ, TMT, ICPL) en combinación con análisis LC-MS/MS. Podemos realizar análisis dirigido S/MRM-MS (selected/multiple reaction monitoring), y en combinación con péptidos AQUA, cuantitativo absoluto. Enriquecimiento específico de fosfopéptidos, seguidos de análisis LC-MS/MS, bien utilizando procedimientos de fragmentación CID o ETD. Análisis de gluten en alimentos mediante la caracterización de prolaminas.

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