SE está financiada en su totalidad por las organizaciones miembro que la componen y que agrupa a 44 entidades europeas de 27 países Todas estas entidades tienen un impacto sustancial en su sistema nacional de investigación, están financiadas con fondos públicos y disponen de capacidad e independencia operativa.
La misión de SE se centra en promover los intereses colectivos de las organizaciones miembros que la componen, a las que apoya en sus esfuerzos por fortalecer la investigación europea y la culminación del Espacio Europeo de Investigación (ERA). Para ello, colabora con otras entidades europeas, universidades, academias, organizaciones científicas intergubernamentales e instituciones de la UE.
Entre sus objetivos específicos figura el de apoyar la cooperación entre las organizaciones miembro de SE para lograr que la comunidad científica se convierta, junto con los gobiernos nacionales y la Comisión Europea, en la tercera voz del ERA; para ello, se constituye como plataforma de diálogo con los representantes nacionales en el ámbito de la investigación con el fin de que la investigación e innovación financiadas públicamente en Europa tengan el máximo impacto, contribuyendo así al desarrollo de la economía y facilitando soluciones que beneficien a la sociedad.
Los órganos de gobierno de SE son la Asamblea General, máximo órgano de decisión, y el Consejo de Dirección, elegido por la Asamblea General por un período de dos años renovable e integrado por la presidencia, dos vicepresidencias (representando respectivamente a los miembros de SE que financian investigación en sus respetivos países y a los centros de investigación que la ejecutan) y una serie de 
representantes de las organizaciones miembro. De forma conjunta, llevan a cabo las directrices adoptadas por la Asamblea General y hacen el seguimiento de las actuaciones de SE. Finalmente, la dirección de la Oficina de SE en Bruselas se constituye en Secretariado del Consejo de Dirección y de la Asamblea General. Identifica y facilita las actividades que incrementen la influencia colectiva y la visibilidad de SE y coordina la ejecución de la política y estrategia de SE.
Asimismo, SE ha constituido una serie de Grupos de Trabajo de los que forman parte expertos altamente cualificados de las organizaciones miembro. En la actualidad estos grupos, en todos los cuales participa personal científico y técnico del CSIC, trabajan en temas como Open Access to Scientific Publications, Data Research Management o H2020 y FP9.
Finalmente, SE cuenta con un Comité Científico Asesor compuesto por 30 científico/as de alto nivel de las organizaciones miembro y cuya principal misión es dar asesoramiento científico independiente al Consejo de Dirección y a la Asamblea General sobre las consecuencias que para la ciencia europea pueda tener la normativa legislativa de la UE o sobre aquellos temas que le soliciten los órganos de gobierno de SE.